Informations générales
Entité de rattachement
Limagrain est une coopérative agricole et un groupe semencier international détenus par 1 300 agriculteurs installés dans le Puy-de-Dôme en Auvergne. Présent dans 49 pays et rassemblant 9 335 collaborateurs, le Groupe sélectionne, produit et commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits agroalimentaires. Focalisé sur le progrès génétique des plantes, Limagrain est le quatrième semencier mondial. talent.limagrain.com
Référence
2024-10056
Description du poste
Type de contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Famille de métier
RECHERCHE ET INNOVATION - TRAIT ET SUPPORT SCIENTIFIQUE
Finalité du poste
L’amélioration des technologies de séquençage 3e génération permet de délivrer des séquences génomiques de haute qualité pour des espèces cultivées mais non modèles. Cette information génomique est utilisée comme une base primordiale dans les techniques de sélection assistée par marqueurs par l’équipe Trait & Technology. De plus, elle ouvre la porte à la compréhension de processus biologiques régissant des caractères agronomiques d’intérêt. Nous proposons un stage visant à tirer parti de cette multiplicité de données, notamment par le biais d’analyses comparatives intra et inter espèces. L’objectif premier est de pouvoir délivrer une méthodologie et des outils qui permettront d’analyser des processus de synténie entre génomes. Dans le cadre de ces comparaisons, nous offrons également l’opportunité de participer à la mise en place d’une chaîne d’outils dédiées à l’identification de gènes candidats.
Vos Missions
Dans un premier temps, vous prendrez possession de votre poste au Centre de Recherche de Chappes. Vous serez amené(e) à vous familiariser avec nos systèmes et son architecture de données. Vous évoluerez ainsi au sein de l’équipe Bioinformatics Discovery dans un environnement multiculturel et sur de multiples thématiques abordées.
Vous participerez à plusieurs développements qui permettront à nos utilisateurs d’être plus performants dans leurs analyses de gènes :
- Tests d’outils d’analyse de micro et macro-synténie
- Mise en place d’un outil sous Galaxy pour la visualisation d’alignements de génomes
- Comparaisons de génomes à l’échelle génique
- Chaînage de scripts multi-langage
Les outils et approches délivrés pourront être présentés à la communauté d’utilisateurs à l’aide d’illustrations portant sur des cas concrets. Un suivi régulier avec l’ensemble des bioinformaticien(ne)s sera également assuré.
Compétences : ce que nous attendons de vous
Vous êtes actuellement en master 2 bioinformatique et vous disposez de très bonnes connaissances en génomique. Vous êtes autonome et à l’aise sous environnement Linux. Vous serez amené(e) d’utiliser divers langages de programmation (R, bash, python). Une expérience préalable sous Galaxy et/ou des connaissances en Nextflow ou Snakemake seront appréciées.
La maitrise de l’anglais est indispensable pour pouvoir échanger avec vos différents collègues dans le monde.
Vos avantages et votre environnement de travail
Un restaurant d'entreprise avec participation financière de l'employeur.
Un CSE proposant diverses activités sociales et culturelles.
Société
GROUPE LIMAGRAIN
Localisation du poste
Localisation du poste
Europe, France, Auvergne, Puy de Dôme (63)
Lieu
Chappes, France
Critères candidat
Niveau d'études min. requis
Master ou équivalent
Niveau d'expérience min. souhaité
jeune diplômé
Langues
- Anglais (4 - Courant)
- Français (3 - Opérationnel)